Kaedah yang seterusnya ialah memastikan keselamatan makanan di sepanjang rantaian makanan. Keselamatan makanan perlu ditumpukan di sepanjang rantaian makanan daripada peringkat pengeluaran, pemprosesan, penyimpanan dan pengedaran, di mana setiap rangkaian dalam rantaian makanan perlu sama kukuh dengan yang lain sekiranya kesihatan pengguna hendak dilindungi sepenuhnya. Ini memerlukan kerjasama yang erat antara semua agensi yang terlibat di sepanjang rantaian makanan. Sumber-sumber seperti tenaga manusia dan kewangan perlu diperuntukkan dan diselaraskan penggunaannya bagi mencapai hasil yang optima. Teknologi Informasi Dan Komunikasi (ICT) juga patut diaplikasikan dalam proses pengeluaran supaya kos pengeluaran direndahkan dan kualiti makanan dapat dijamin. Pengurusan data yang sempurna diperlukan bagi perancangan, pelaksanaan dan pengawasan program keselamatan makanan.