Kilang-kilang juga dianggap sebagai punca pencemaran air yang utama. Kebanyakan kilang dibina di sepanjang sungai untuk memastikan bahan-bahan buangan disalirkan ke dalam sungai-sungai berkenaan. Masalah timbul apabila cecair kimia yang disalurkan ke dalam sungai tidak dirawat dan mengandungi bahan toksikyang mencemarkan air sungai. Kebanyakan kilang membuang sisa cecair dan pepejal ke dalam sungai yang mengakibatkan sungai tercemar. Irni biasanya dikaitkan dengan bahan agrokimia.