Di Sabah, Pertubuhan Kebangsaan Sabah Bersatu (UNKO) daripada kalangan kaum Kadazan yang dipimpin oleh Donald Stepehens menentang pembentukan Malaysia, malahan mula berjuang untuk memerdekaan Sabah. Sebuah parti yang dilahirkan oleh kaum Murut yang bergelar Pasok Momogun Kebangsaan Borneo Utara turut menentang pembentukan Malaysia, Parti yang dipimpin oleh G.S. Sundang ini juga berhasrat memperjuangkan kemerdekaan Sabah. Pertubuhan Kebangsaan Sabah Bersatu menerima cadangan pembentukan Malaysia. Namun, menjelang awal tahun 1963, sebahagian besar pendudukanya berubah fikiran setelah menerima lebih banyak penerangan. Pengerusi UNKO, Donald Stepehens, memberi sokongan kuat dan memujuk masyarakat Kadazan menerima pembentukan Malaysia. Sehingga pembentukan Malaysia pada tahun 1963, SUPP merupakan satu-satunya parti politik yang membantah cadangan ini.