Antara masalah-masalah sistem pengangkutan yang sering dihadapi dan dialami oleh pengguna adalah :
1. Keselamatan penumpang dan pengguna terancam – Sesetengah pemandu bas yang tidak mempunyai sikap bertanggungjawab boleh mengundang padah kepada para penumpang. Penumpang yang menggunakan perkhidmatan bas itu berasa tidak selamat dan khuatir akan keselamatan dirinya. Sikap seperti ini juga boleh meyebabkan keselamatan pengguna jalan raya yang lain turut terancam sama.
2. Jangka masa / tempoh masa yang lama – Sebelum pelancaran Bas Rapid Penang, pengguna terpaksa menggunakan dan menunggu bas henti-henti hampir satu jam lamanya. Ketibaan bas yang tidak tentu masa juga menyukarkan dan menyusahkan para penggunanya menggunakan khidmat bas ini.
3. Kos bahan api meningkat naik – Tambang pengangkutan awam terutamanya bas meningkat dan bertambah berikutan harga minyak yang semakin meningkat.
4. Kenderaan lama yang digunakan – Perkhidmatan van atau bas sekolah adalah jenis kenderaan lama telah yang berdaftar dan usia kenderaan menjangkaui 10 sehingga 15 tahun. Keadaan, kondisi dan tempat duduk bas juga dalam keadaan tidak memuaskan dan tidak selesa.
5. Pencemaran udara yang dihasilkan – Udara boleh tercemar disebabkan kebanyakan pengangkutan awam menggunakan minyak diesel terutamanya bas. Gas karbon monoksida dan asap hitam yang berjelaga daripada kenderaan akan mencemari udara
6. Pencemaran Bunyi – Bunyi enjin kenderaan yang kuat dan sangat bising akan membingitkan telinga dan menimbulkan susasana yang tidak tenang. Ini jelas sekali, mengganggu ketenangan dan ketenteraman penumpangnya. Kebiasaannya situasi ini sering terjadi pada bas-bas yang sudah lama digunakan. Ini pula situasi bagi penduduk yang tinggal berdekatan dengan kawasan lapangan terbang, yang pasti seringkali terganggu dengan bunyi bising enjin kapal terbang yang membuat pendaratan mahupun yang mahu berlepas. Ini sedikit sebanyak mengganggu aktiviti harian penduduk sekitar berikutan bunyi bising di kawasan lapangan terbang demikian.