Situasi di Brunei semasa cadangan Tunku Abdul Rahman untuk menubuhkan Malaysia tidak jauh bezanya dengan situasi Sabah dan Sarawak. Namun, pada waktu ini minyak telah pun ditemui. Sultan Brunei menyokong konsep Malaysia ini. Kebanyakan rakyat Brunei juga pada peringkat awalnya berminat untuk menyertai gabungan, cuma mereka lebih berhasrat untuk memperoleh kemerdekaan sendiri dahulu sebelum digabungkan. Penentangan yang hebat datang daripada Parti Rakyat Brunei id bawah pimpinan A.M. Azahari. Parti ini sangat berpengaruh di Brunei. Azahari pada amnya lebih berminat terhadap cadangan penyatuan Sabah yang melibatkan Brunei, Sabah dan Sarawak yang dipanggil kerajaan Kalimantan Utara. Dipercayai bahawa Parti Rakyat Brunei berjaya mempengaruhi penduduk Brunei untuk menentang pembentukan Malaysia. Mereka khuatir Brunei akan kehilangan sebahagian besar kekayaannya mereka dengan menyertai gabungan ini.