Selain itu, pembuangan sisa dari kilang-kilang juga menyebabkan berlakunya pencemaransungai. Kilang-kilang yang dibina di tepi sungai pada kebiasaanya akan mengalirkan sisa-sisadaripada kilang mereka ke dalam sungai sebagai cara mudah untuk melupuskan sisa tersebut.Apabila sisa ini dialirkan ke sungai, pengusaha kilang dapat menjimatkan kos bagi pelupusansisa tersebut. Kesannya, sungai akan dicemari dengan sisa-sisa toksik dan bahan-bahan kimiayang yang merendahkan kualiti air dan sungai menjadi tidak sesuai untuk didiami hidupan-hidupan akuatik. Justeru, pengaliran sisa dari kilang memberikan kesan buruk kepada sungai.